孛罗帖木儿入京后任右丞相，大权在握，他原本是朱九真一手扶持起来对付扩廓帖木儿的，这次能这么恰到好处地救驾而不在兵发大都的路上被元帝和太子得知，也多亏了朱九真遮掩耳目。
但这时孛罗帖木儿却逐渐想反过来控制她，朱九真对他的性情早有把握。
没几日漠北阳翟王阿鲁辉帖木儿起兵作乱，就像孛罗帖木儿当初一样悄无声息地直逼上都，并遣使告诉元帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以国玺授我，我当自为之！”
阿鲁辉帖木儿和孛罗帖木儿两军相交，大都内血流成河，整座城池都毁灭于战火中，最后阿鲁辉帖木儿和孛罗帖木儿两败俱伤之际，红巾军攻入大都城内，大获全胜。
国破之际，元顺帝与朱皇后在皇宫中‘自焚’而死。
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千里之外，少林寺屠狮大会终于落幕。
但紧接着迎接武林各门各派的是嵩山脚下围困少林寺的扩廓帖木儿率领的军队。
原来在得知了谢逊重新现身中原的消息后，赵敏就心生一计，故意让谢逊落在了少林寺手中，打算等武林众人齐聚少林寺后来个一网打尽，于是不久之后扩廓帖木儿就配合她的计划率军秘密来到少林寺附近。
这一仗对于扩廓帖木儿应该是易如反掌的，尤其是他还特意带上了几门回回炮，但对于张无忌就艰难很多了，直到他从屠龙刀里取出了一份《武穆遗书》才从里面找到了应对的方法。
但即便如此也是颇为艰难。
嵩山距离大都本就路途遥远，消息难以传达，大都城内的消息又被刻意封锁，便是有一二探子也被截杀，因此直到大都城被红巾军攻破，元帝和太子双双身死的消息才终于在这时传到了扩廓帖木儿这里。
闻讯扩廓帖木儿大惊失色，但到了这个地步还能怎么办，他没有时间继续在嵩山脚下继续耗下去了，只能放弃立刻带兵回援大都。
而元兵退去后，少林寺的众位也终于松了口气。
正疑惑，明教的探子也终于能进来报信了，一得知大都城破的消息，与扩廓帖木儿的反应不同，作为汉人的他们自然是欣喜若狂，当即就在少林寺内大摆筵席庆祝，欢欣鼓舞。
张无忌当然也高兴，却一直很是心不在焉。
终于离开少林寺后他才有空去打听关于朱九真的消息，但只得到一个她和元帝自焚的结局，然而世人相信，张无忌却是万万不肯相信的，不管是出于他理智的分析还是他感情上的偏向。
甚至这种猜测在得到明教探子搜寻到的越来越详细的消息里得到了验证。
身在局中时看不清，但事后再一一复盘却很明显，太子逼宫、孛罗帖木儿的‘清君侧’、阿鲁辉帖木儿谋反三件事在短短数日内凑到一起实在是一件太过巧合的事情。
尤其是扩廓帖木儿作为唯一一方有能力阻止这场乱局的势力，却在关键时候来到了少林寺的深山之中，还有在大都城内两股兵力两败俱伤的时候恰到好处出现的红巾军。
张无忌在屠狮大会的时候因为只顾着救援义父没空多想，后来和谢逊见面交谈的时间也短暂，直到后来他又去少林寺拜访已经出家为僧的谢逊，才得知原来他已经被带出冰火岛被人囚禁三年了，最近突然被放出来。
谢逊目盲不知道囚禁他的是谁，但他一直被十香软筋散控制，显然里面就有汝阳王府的影子。
可扩廓帖木儿眼下显然是被人摆了一道。
尽管张无忌没有找到确实的证据，但他心中却有一种无比笃定的预感这一切都是朱九真主导的，只有她在五年前得到了他亲手画给她的海图，只有她能得到汝阳王府的十香软筋散。
而且细想想她派人去冰火岛正好是她当上皇后的第二年