烈。
侯君集等人迫不及待地鼓动李世民先下手为强，除掉李建成。李世民下定决心之后，与侯君集等人做了一番周密的策划，于是带领一班武将预先埋伏在玄武门，趁李建成和齐王李元吉上朝不备之机，突然出兵攻击。
侯君集率军控制了唐高祖和朝臣，尉迟恭等人则诛杀了李建成和李元吉全家，李世民得以顺利即位。侯君集作为玄武门之变的重要参与者，也被授予了高官厚爵，不久之后就官拜兵部尚书，统管全国军事。
公元634年，位于今青海境内的土蕃出兵东汉，唐朝边境，还扣留了唐朝的使者。李世民命侯君集协助李靖讨伐土蕃。唐军到达海青乐都，土蕃军队闻风撤退。当时正值冬季，土蕃军队烧毁了草原上的植物退入腹地隐蔽，企图使唐军大队人马陷于粮草不济的困境。
众将认为战马缺少粮草不利于长途作战，要求收兵。侯君集却主张迅速追击，认为敌军尚未走远，肯定想不到我们会继续深入。若以精兵急速追击，肯定会大获全胜。
李靖采纳了他的意见，都兵穷追2000余里，接连三战大败土蕃军队。大胜后班师回朝。
公元638年，吐蕃的松赞干部向大唐请求通婚，遭到拒绝，出兵进攻已经归附大唐的土蕃，还写书信威胁唐朝声言若不嫁公主必发兵进攻大唐。
接着就派出了20万军队进攻如今的川四松潘县。唐太宗当即命令侯君集率部骑兵5万前往抵抗吐蕃。
侯君集在松州城下大败吐蕃军队，打得松赞干部急忙撤回军队，前使臣向唐太宗谢罪。唐太宗也同意了与吐蕃通婚，以建立友好的关系。
大胜而归的侯君集还没等消停上一年，就又为大唐披挂上阵。唐朝初期西域各国向唐朝进贡和商旅贸易的队伍都要通过高昌国境，高昌国从过境贸易中得到了很多利益。
李世民在焉耆国的请求下想要重开西域路，高昌国因为利益受损，不但阻塞了西域通往内地的道路，还派兵攻打焉耆。
同时，西突厥的首领与高昌结盟，共同阻挡往来西域的客商和贸易货物。于是唐太宗决定派侯君集统兵西征高昌国。
公元640年，侯君集率军。当大军越过第五水草，寒风如刀，热风如烧的2000多里的杀气进入高昌境内时，高昌王惊恐忧郁而死，他的儿子曲智胜继位。
唐军运用先进的工程机械，很快就直逼高昌都城。曲智胜开城投降，侯君集分兵四路，共攻三郡五县22城。
高昌全境平定。唐太宗命令侯君集在高昌设置西州，在交河城设置安西都护府管辖各县，留兵镇守。
侯君集又将高昌王以前所掳掠的焉耆人全部放回，焉耆王对此非常感激，派遣使臣向唐廷谢恩。侯君集平定高昌后，使大唐王朝威慑西域，国威大震。
西突厥驻守可汗浮屠城的夜护叶尔翔，唐太宗在其地设置了庭州管辖。
侯君集班师东归时，还从高昌带回了一批乐工。唐太宗令其入太常寺，将高昌乐列入国乐。从西域引进的酿酒法和马奶葡萄的栽种方法，也使得长安出现了葡萄酒热。
但侯君集在攻灭高昌国后，在未奏请李世民的情况下，私自将高昌国宝物据为己有。手下的士兵知道后也开始盗取金银珠宝。侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢上报将士们的罪行。
回朝后被御史揭发上奏唐太宗，于是将侯君集下狱。幸得中书侍郎岑文本、尚书为他辩护，唐太宗才将侯君集赦免释放。
而侯君集自以为立下了大功，却因为贪财而被囚禁，感到非常不爽。虽然李世民对待侯君集还和以前一样，将其列入凌烟阁24功臣的第17名，但侯君集还是认为自己遭到了排挤。
也就在他被列入凌烟阁的这一年，太子李承乾担心